Podobnie jak reszta wysp Archipelagu Poncjańskiego, Santo Stefano jest wyspą o pochodzeniu wulkanicznym. W czasach panowania Imperium Rzymskiego, wyspa posiadała też inne nazwy, min. Palmosa, Dommo Stephane, Partenope oraz Borca. Obecnie wyspa jest niezamieszkana.

Na wyspie znajdują się pozostałości historycznego już więzienia, zbudowanego w 1794 roku, za czasów panowania Ferdynanda IV – króla Neapolu i Sycylii. Więzienie jest budynkiem o okrągłym kształcie, mieszczącym 99 cel, o rozmiarach 4,5 x 4,2 m, w których mogło przebywać 600 więźniów. Co ciekawe, więzienie działało nieprzerwanie aż do roku 1965!