Pochodzenie wyspy Ventotene jest oczywiście wulkaniczne, tak jak i innych wysp poncjańskich. Wyspa stała się sławna już w czasach starożytnych Greków i Rzymian, gdyż została na nią wygnana córka cesarza Oktawiana Augusta – Julia, która musiała żyć na wyspie w bardzo surowych i trudnych warunkach, pokutując za swoją rozwiązłość. W owych czasach, wyspa zwana była Pandataria. Kolejną osobą zesłaną na wyspę była Agrypina – siostrzenica cesarza Tyberiusza, która doczekała tam śmierci. Po latach, wyspę odwiedził cesarz Gaius Iulius Caesar Germanicus (bardziej znany jako Kaligula), by sprowadzić jej szczątki. Widocznie, miejsce spodobało się Kaliguli, bo później zesłał tam własną siostrę, Julię. Po bytności Rzymian zostało do dziś wiele budowli, akweduktów i ruin willi.

W czasach drugiej wojny światowej, na Ventotene, Benito Mussolini rozkazał zsyłać antyfaszysów oraz komunistów. Przebywało ich tam wtedy około 700, z czego 400 to komuniści. Wtedy też powstał słynny Manifest Ventotene, który w zasadzie złożył podwaliny pod przyszłe powstanie EWG i Unii Europejskiej. Manifest został napisany w 1941 przez włoskich włoskich intelektualistów: Altiero Spinellego, Ernesto Rossiego i Eugenio Colorniego, którzy byli wtedy więźniami na Ventotene.